司马光于元佑元年九月逝世以后，苏轼的地位更加显赫，多数人认为他下一步就要当宰相。因此他的政敌们更嫉妒他，朝廷的斗争立刻以他为中心，争权夺利非常激烈，到第二年一月，就有几十篇奏折攻击他。

宣仁太后袒护苏轼，把弹幼他的奏折束诸高阁，甚至命令朝臣不要再弹劾苏轼。但那批人违抗命令，继续不断地上表论奏。苏轼也上表为自已进行辩解。但是，攻击他的奏折接二连三，使他辩不胜辩;有些人暗中造谣中伤，更使他无法自辩。不仅苏轼本人，就连他的门生黄庭坚、秦观等人，都成了他们攻击的目标。

苏轼仿佛处在蛇窝之中，他实在感到厌烦。他决定退出斗争旋涡，几次请求离开中央，到地方上任职。开始太后不同意，后来在元佑四年(公元1089年)三月，太后批准他以龙图阁学士出任杭州太守，领兵浙西(包括现在的江苏大部分)。临走时，太后还赐给他官袍、金带、金镀鞍马、茶叶、银器等礼物。

这年七月,苏轼重莅离别十六年的杭州。对于苏献来说，在地方上工作。似乎比在京城更能报效国家。他一方面埋头实干，常年不潮开书本:一方面利用太后的赏识，要求朝廷投款从事建设，为杭州人民造福。

苏轼一到杭州，就碰上渐西出现大灾荒。这年春天遭到水灾，不能裁种早稻。到五六月间大水退去，插下晚秧，又遭早灾。第二年王五六月间，大雨不止，太湖泛滥，平地涨起八凡大水，用苗全部范没水底，规堰大限分道到政坏。百姓缺乏粮食，粮价暴涨，有的农户已在忍饥挨饿。

苏轼同情人民的疾苦，看到灾情，看到人民挨饿，日夜不安，吃不下饭，睡不好觉。他接连向中央写了七份报告，如实反映灾情，请求中央免税，拨款，开放常平仓0，减少上调粮食数目，采取各种措施，赈济灾民。

在一份报告中，他还回顾熙宁八年的教训。当时，由于地方长官不事前想办法,坐视饥荒来临以致蔓延，结果饿死了五十万人，政府还损失了三百二十万贯。他向中央强调，这次救灾工作一定要掌握主动，走到前头。