后来，朝廷叫王安石当了皇帝的机要秘书，按以往的规定，他们这些机要秘书要是对将要颁布的诏书、法令有不同意见，可以提出修改的建议。当时正是韩琦主管朝政，他要求皇帝取消这个规定。王安石很生气，就给皇帝上书说:“要是陛下答应这么办，今后大臣就可以为所欲为，假借陛下的名义乱发号令，也没有人可以监督、阻止他们。这样做的后果，将不堪设想!”

这么一来，韩琦和其他的大臣，都恨透了王安石，把他当作眼中钉。韩琦又象在扬州时那样，时常和王安石为公事争论不休。

王安石在调到中央以前，在地方上管过治安司法，所以皇帝让他兼管京城里的司法工作，负责复查、审核京城的重大刑事案件。

嘉佑七年(公元1062年)，东京发生了一起杀人案件。城里有一伙年轻人，游手好闲，不务正业，经常惹事生非。有一次，其中的一个青年搞到一只好斗鹑。当时社会上斗鹌鹑赌博的风气很盛，一只好斗鹑值许多钱。另一个青年就死乞白赖地 向他要。这个青年不肯给，那人仗着平时在一块吃喝玩闹惯了，抢过鹌鹑就跑。这个青年恼了，掏出刀子，追上去就把那人捅死了。

主管东京治安的机关是开封府。开封府把这个捅死人的青年抓了起来，判处死刑。可案情报到上头，却被王安石驳回来了。他的理由是:“按照法律，偷也好，公开抢夺也好，未得主人允许就拿别人的东西，都属于盗窃。死者未经主人同意，强抢鹌鹑，已犯了盗窃罪。主人有权追他、打他。即使把罪犯打死，按今天的法律也不能处罚他。”

所以王安石反过来告开封府犯了“失职罪”，也就是把不该治罪的人治了罪。开封府不服，又把事情告到审刑院、大理寺,也就是当时的最高法院那儿。最后几家一会审，判定开封府是对的。这么一来,就变成王安石犯“失职罪”了。幸好皇帝知道王安石的脾气,就下命令不处分王安石。这是皇帝开恩，按规矩，被免罪的人得跪在皇宫的大门前谢恩。可王安石的牛劲又上来了，一口咬定自己没罪，所以也不去谢恩。

打这以后，上头就把王安石管理京城司法工作的职务撤了。