至元四年（1 26 7年），忽必皇子忽哥赤为云南王，加强对云南的控制。四年之后，都元帅宝合丁企图专横一方，竟与王府人员串通一气，在酒中下毒，要毒死忽哥赤。劝农官张立道闻讯后闯入王府，忽哥赤已经中毒，不能讲话，只是抓住张立道的手伸入自己口中，让张立道触摸自己满嘴的乱肉，说明自己是被害的。忽哥赤死后，张立道密结十三人，准备起而讨贼，并派人赴京城告变，不想事情败露，张立道等全被宝合丁逮捕入狱。张立道族兄张忠领义士劫获成功，救出立道北逃，至吐蕃境，遇见朝廷派来调查忽哥赤落难事件的御史大夫博罗欢，报告了前后详情，并与博罗欢一同南下。

宝合丁听说朝廷来人，准备了重金礼品送来，希望来者敷衍了事，不要穷究案情。博罗欢因宝合丁握兵在外，拒收礼物可能激起兵变，暂时收下了礼品，麻痹宝合丁等，随即迅速赶到大理，将宝合丁及其党羽一网打尽，全部处死。返回大都后，博罗欢将宝合丁所送礼品原封不动地交给了中书省。

忽必烈对博罗欢的机智果断十分赞赏，同时为物色合适人选前往云南重建统治秩序而犯难，最终他选定了赛典赤？赡思丁。赛典赤又名乌马儿，不花刺（今乌兹别克布哈拉）人。“赛典赤”是阿拉伯语Saiyid Aj all二词的联读，Saiyid指伊斯兰教十叶派创始人阿里（穆罕默德之婿）后人，自称是先知穆罕默德的圣裔；Aj all的意思是“最至尊的”，这个称号大致相当于汉语的“贵族”。成吉思汗征中亚，赛典赤率千余人迎降，随从成吉思汗东来，成为“怯薛”成员。成吉思汗只称呼他为“赛典赤”，以示宠信。窝阔台至蒙哥汗时，赛典赤历任丰、净、云内三州都龙鲁花赤，太原、平阳二路达鲁花赤，燕京断事官，燕京路总管等职，逐渐熟习中原文化，积累了适应于统治中原地区的丰富经验。忽必烈即位后，赛典赤仍然得到重用，历任燕京宣抚使、吏户礼三部尚书、大司农卿、中书省平章政事、陕西四川行省平章政事等职，无论在中央机构任职还是担任地方官职，都有突出政绩。至元十年（1 2 7 3年）闰六月，忽必烈命赛典赤以中书省平章政事之衔行省云南，总管云南政务。忽必烈对他说道：“云南是我亲自率军攻占的，由于用人失误，引起混乱，民心浮动，现在我想选择老成持重的大臣前去安抚人心，整顿吏治，你是最合适不过的人选。”赛典赤没有辜负忽必烈的厚望。他很快前往云南，建省治于善阐（今云南昆明），并做了一系列令人称道的事。

继忽哥赤之后，宗王脱忽鲁坐镇云南。赛典赤南来，有人挑拨离间，声称此举一定是来夺脱忽鲁之权，脱忽鲁乃调集军队，准备兵戎相见。赛典赤闻讯后，派其子纳速刺丁去见脱忽鲁，转达他的来意：“皇帝因为云南守臣不称职，导致诸部叛乱，特派我来安抚，并且诫告我入云南境后即要设法安定民心，我不敢专断此事，希望大王派遣一人来共同商议良策。”脱忽鲁派遣亲信二人至赛典赤处，探看虚实。纳速刺丁与他们混熟，以兄弟相称，这二人乃用儿子见父亲的礼节向赛典赤跪拜，并献上名马。赛典赤设宴款待二人，宴后又将忽必烈赐给他的金宝、饮器等赠给他们，二人大喜过望。赛典赤认为他们虽是王府亲信，但没有正式官爵，不便处理政务，请求脱忽鲁同意授与他们行省断事官之职，脱忽鲁疑云全消。行省与王府的关系协调一致了，当地政令基本上可由赛典赤掌握。

云南各族杂居，既有从事农耕、笃信佛教的白人（又称僰人，今白族先民），又有喜斗好杀、视死如归的罗罗（又称乌蛮，今彝族先民），还有喜好涂饰牙齿的金齿百夷（今傣族先民），善战喜猎的么些蛮（今纳西族先民），刀耕火种的土獠蛮（今布朗族先民），巢居山林的斡泥蛮（今哈尼族先民），等等。这些民族风俗不同，生业不一，按照儒家传统观点看来，就是不懂礼仪，没有婚姻丧祭规矩，更不读书，农耕也很落后。赛典赤为改变当地风俗习气，与张立道等建孔庙，设学舍，劝士人子弟入学，又教当地人跪拜礼、婚姻媒聘和棺椁奠祭等礼节。在安定民生与发展生产方面也采取了一系列措施，如兴修水利，解除滇池水患，大得灌溉之利，还新增良田万顷；又如将中原种植粳稻桑麻、养蚕缫丝的先进经验介绍给当地人，改进他们的栽种、饲养方法，使收利倍增。云南传统以贝作为货币，称为“趴子”，与全国通行的交钞不同。赛典赤特别上书朝廷，请求在云南交钞与贝币通行，得到批准，百姓甚感方便。

云南交通不便，赛典赤与善阐路达鲁花赤爱鲁等在水陆皆设驿传，开通驿道，并在山路险峻、盗贼出没之处设镇兵防护，每镇各有一名当地酋吏和一名百夫长共同管理，便利了云南和内地的往来。至元十二年（1 2 7 5年）正月，赛典赤请求改变云南地区的行政管理体制和军队隶属关系，以云南宣慰司兼行元帅府事，由行省节度，改变各地原来按蒙古制度划分的万户、千户为路、府、州、县，选贤能者为令长。忽必烈同意赛典赤的改革措施。当年正月二十一日（2月7日），赛典赤把改定的各路名号报给朝廷，得到了批准。行省之下，分设三十七路，善阐改名为中庆路，仍然是行省治所所在地。

郡县的行政官员，都由朝廷委任。由于路途遥远，六品以下的官员由朝廷每三年遣使一次，就地与行省官商议委命，再开具名单呈报中书省追授；五品以上的官员还是要由中书省除授。到云南任职的官员可以享受一些特殊待遇，从等级上讲，由内地到云南的官员升二等，赴极边远地区的升三等；官员死于云南任上，可由官府安排车船归葬乡里。在当地也任用一批土官，世袭其职，以收揽人心。通过赛典赤等人的努力，加强了元廷对云南地区的统治，使云南的地方行政机构达到了与内地基本相同的水平，结束了云南长期自立一方的历史。赛典赤治理云南，一方面提倡文治，不滥用武力压服当地各民族的首领人物，一方面尽量照顾到当地民俗，不强迫当地人移风易俗。他的作为，毕竟触犯了一些人的利益，赛典赤在必须动用武力的时候，亦能谨慎从事。后来元江路（今云南元江）的罗盘部叛乱，赛典赤奉命率军出征。

大军抵元江城，罗盘人不出降，派使者进城招降，罗盘部主同意出降，但等了几日未见动作。诸将跃跃欲试，请求立刻麾军攻城，赛典赤不同意。有的将领不服气，偷偷带兵攻城，赛典赤大怒，马上鸣金收兵，并以违反主将命令、擅自行动的罪名将当事者逮捕，准备军法从事。他告诫部下，皇帝让我安抚云南，不许我们滥杀无辜。罗盘部主听说赛典赤如此宽厚仁慈，并能严格约束部下，很受感动，率领部众出降。这件事在云南造成很大影响，各部族首领纷纷前来拜会赛典赤，叛乱事件很少发生了。