裴松之先后担任了永嘉太守，国子学博士。在担任永嘉太守的时候，勤于理政，同情老百姓的疾苦，为地方办了一些好事。元嘉二十八年，裴松之已经是八十高龄的老人了，须发苍白，满脸皱纹，刻下了他辛勤劳动的经历。朝廷的大臣劝裴松之告老还乡，安度晚年。裴松之对朋友们的关照十分感谢，但却不肯离职休养。

有一天，裴松之在家里和别人下棋。忽然，太监传来圣旨，说皇帝有事召见。裴松之急忙和太监一起乘车去皇宫。路上，裴松之问太监：“皇上找我有何事？”太监答道：“据说是为何承天的事。”裴松之一听，不由得双眉紧锁。

车子来到皇宫，太监禀过，宋文帝立即传旨请进裴松之。裴松之一见宋文帝，连忙跪下。宋文帝赐裴松之就座，然后问道：“先生近来身体如何？”

“仰赖皇上的洪福，贱躯尚佳。”裴松之回答。

宋文帝接着说:“何承天先生不幸去世，他编写的国史没有完成，不知先生能否担当此项任务？”听到编写国史，装松之立刻意识到，《三国志注》好编，因为不怕犯讳，没有什么顾忌，可以如实地抨击邪恶，表彰英雄。编写本朝的历史，就不那么容易，如果直笔叙述，一旦触怒了皇帝，就难免遭杀身之祸。编写国史，就是要夸耀皇帝的威德，宣扬朝廷的文治武功，掩饰邪恶。可是自已没有说假话的本领，怎么办呢？裴松之想到这里，不觉犹豫起来。他抬起头来，看到皇帝期待的目光，又很快打消了这些想法，振奋精神说：“万岁的信任，不胜感激。臣虽然年迈，但还耳聪目明，能够担当编写国史的任务。”

听了裴松之的话，宋文帝也有所感动，连忙说：“先生年逾古稀，壮志不减，令人钦佩。”

裴松之接受编修国史的任务后，正打算发奋著述，争取在自己的有生之年，完成这任务。但终因年老力衰，染上了疾病，卧床不起。过了几天，病情稍微好转，裴松之挣扎着坐起来，拿着何承天未写完的《宋书》，强支病体，正要阅览。突然一阵咳嗽，两眼冒金花，身体支撑不住，人便栽倒到床下。等他的儿子将他扶到床上，裴松之已经奄奄一息，半天才微微睁开眼睛，然后用微弱的声音说道：“编写国史的任务，我不能完成，希望你们刻苦努力，完成这个任务，报效皇上的恩德。我死以后，你们要把我所有的书籍保存好。”说完瞑目而逝。

裴松之的儿子裴骃，对史学也很精通，编写了《史记集解》；曾孙裴子野，继承他曾祖父的事业，剪裁刘宋一代的史料，编成了编年史《宋略》，都是有名的历史著作。

裴松之一生的著作，除了《三国志注》以外，还有《晋纪》、《宋元嘉起居注》、《裴氏家传》、《裴松之集》、《集注丧服经传》五种著作，可惜这些都没有流传下来。流传到现在的著作，只有《三国志注》。