苏轼任杭州太守不足二年，在元站六年(公元1091年)春天调回中央，仍任翰林学士，并有可能升任宰相。他弟弟子由从御史中丞升为尚书右丞，成为执政者之一。因此兄弟俩遭到政敌们的猜忌，立刻成为他们攻击的主要对象。

苏轼不愿再卷入斗争旋涡，接连七次上表，恳切请求不在中央任职，愿到地方做官。他在一篇奏折中说:我一生说真话，做正事，看不惯歪风邪气，因而触犯很多人。我知道自已并没有什么罪过，但攻击我的人根本不讲是非曲直，一味地造谣中伤我。我已是五十多岁的人了,很想回避祸患,求得安生,保全自己。为了朝廷的安静,我不愿留在中央,愿意到任何一个州里去;而且不管到哪里，我的一片忠心都不会改变。

这年八月，太后批准他出任颍州(今安微阜阳县)太守。第二年三月，他又改任扬州太守。九月间太后又把他召还中央，先任兵部尚书，后任礼部尚书。子由任门下侍郎。

元佑八年(公元1093年)八月一日，苏轼的第二个妻子去世。她曾经陪皇后祭拜皇陵，享受到京城的豪华和贵妇人的一切荣誉。要说她死得正是时候，免得陪东坡苦度一生中最悲惨的岁月。她的葬礼非常隆重，好多达官贵妇都参加了。她的棺材停放在京城西郊的一座寺院里。苏轼心情很悲切，为她写了一篇措辞怡当、古雅质朴的祭文，说她是贤妻良母，发誓将来要同她葬在一起。

九月三日，宣仁太后逝世，哲宗亲自执掌朝政。八年来，苏轼曾断断续续在朝中担任侍读，教过哲宗，对他有所了解。他预感到政治气候要发生变化，请求外调，当即被哲宗批准出任定州(今河北定县)太守。赴任之前，按照惯例，他去面见皇帝辞行。可是他在宫门外等了很久，最后太监传谕:皇上有要事，无暇接见。苏轼求见不得，越发感到事态严重了。

即使处于这样的景况，苏轼的报国之心仍不稍减。他到达定州，看到军政腐败,边防松弛,军队中不断发生贪污盗窃案件，官兵酗酒、赌博，样样都来，军纪松松垮垮，也不进行操练。苏轼心想：“定州面临契丹，乃是北方的边防重地、军事前线,军队竟是这个样子。这样的军队，一旦发生战争，怎么能打胜仗?怎么能保卫祖国的安全?”