在发展外交、排除外惠等一系列问题得到处理后，诸葛亮便着手解决内部问题。

益州地区，长期以来受刘焉父子法禁松驰的影响，豪强地主彼此勾结，排除异已，甚至置国家法纪于不顾。如果不整肃内部，不仅没有北伐曹魏的基础，刘禅集团想在益州站稳脚眼，也将大成问题。再说，诸葛亮本是荆州的首领，刘备的亲友，则多系北方人；入益州后，又加入益州地主集团。如何把这几部分人拧在一起，是治好蜀国的重大课题。

刘备去世前后，一些地方官吏，如汉嘉(今四川名山北)太守等举兵叛变；南中诸郡聚居的少数民族也起来闹事，这些也使诸葛亮感到头痛。加上后主刘禅，年方十七岁，为人庸弱无能，根本不懂什么叫政治，更谈不上如何治理蜀国。这一切，都要求诸葛亮作出处理。

诸葛亮为了解决这些矛盾，首先起用了一批有声望的益州地主出来任职，以改变“豫州入蜀，荆楚人贵”的状况。秦宓(mì)是广汉绵竹(今四川绵竹)人，很有才学，常称疾不出，诸葛亮便选任他为别驾(官名，刺史的佐使)，拜中郎将(官名，掌管皇帝的宿卫工作)，长水校尉(官名，掌管宿卫兵)。杜微作过刘章的从事(官名)，因病去职，在家静养，不过问政事。等到刘备入蜀，已经年老耳聋，更是经常闭门不出。因为他在益州地主中很有声望，诸葛亮决心把他请出来任职。一天，诸葛亮备了礼品、带着侍从，前来杜府拜望，颤颤巍巍的杜微听到家人的通报，说是丞相诸葛亮登门访问，精神为之大爽，立即大开中门迎接。诸葛亮委婉地向他说明了来意，使得闲居已久的杜微感到盛情难却，只好出来当了个主簿(主管文书及其他事务)的官职，后因他不能理事，就改为谏议大夫(掌管议论)，无论如何也不许他辞官归家。此外，还有杜琼、五梁等人，大都是益州有声望的地主，都被诸葛亮请出来任职，并通过他们去联系益州各阶层的人，以促进内部的团结。