清顺治十六年（南明永历十三年，1 6 5 9），南明延平郡王郑成功率部进攻南京的作战。

清顺治十三年（南明永历十年，1 6 5 6）六月，在东南沿海坚持抗清斗争的郑成功，为恢复中原，自厦门根据地誓师北伐。很快就克闽安，下南台，合围福州。各地清军驰援入闽，与福州之敌联合发起攻击。郑成功见敌势众，以一部兵力扼守闽发和罗星塔（今福州市东南），自率大军返厦门。次年二月，郑成功督师进行第2次北伐。他先以一部兵力攻取温州，又派出一支军队前往浙江松门，从渔民中招募进入长江的向导。随后亲率大军取浙江海门，下黄岩，克台州。后因清军攻陷闽安、罗星塔据点，回师厦门。清顺治十五年，南明永历帝进封郑成功为延平郡王、招讨大将军，并令其进军江南。郑成功经积极准备，至同年五月已练就水兵5万、练兵5万、步兵5万、预备队l万，以及1万头戴铁面、身穿铁臂裙，专砍敌国马腿的“铁人”军。于是，他率部乘战船千艘，开始了以南京为进攻目标的第3次北伐。七月初，郑成功与南明兵部侍郎张煌言在舟山会师。原拟溯长江直取南京，但八月初在羊山海面（今上海金山县东部海面）遭飓风袭击，毁战船40余艘，损兵8000余人，被迫撤往舟山和浙东南沿海地区进行休整，以待战机。

清两江总督郎廷佐得知郑成功进军的消息，急忙在崇明岛、瓜州、镇江等处加强防务，在镇江的金山与焦山之间的江中横铁索，称“渡江龙”，在水上筑栅，置兵设炮，称“木浮营”，企图阻止郑军沿江西进。

次年五月，郑成功探知清军主力已向西南地区开进，为策应南明大西军与清军的作战，郑成功率大军从舟山出发，绕过崇明岛，溯江而上，沿途袭取清军炮台若干，派善泅水者数十人，乘夜斩断清军设在金山和焦山之间的“滚江龙”，另遣巨舰1 7艘，火烧“木浮营”，扫清江上障碍。然后取瓜州，切断清军的南北粮道，又在镇江与清江宁提督管效忠所率援军展开激战，一举大败清军，攻克镇江。在镇江召开的军事会议上，郑成功不同意一些将领提出的暂据瓜州、镇江，待机进取的意见，决定尽快攻克南京。

七月上旬，郑成功率大军乘船在南京仪凤门附近登陆，然后分别在城西北的仪凤门、狮子山，城西的汉西门（今汉中门）、城西南的水西门，城北的神策门（今和平门）、岳庙山扎营，水师泊于下关和幕府山北侧江边，共连营8 3座，将南京重重包围。与此同时，受郑成功派遣，张煌言所率一路军已溯江而上，攻克芜湖，继而又连下池州（今安徽省贵池）、徽州（今安徽省歙县）、太平、宁国等4府3州2 4县，基本上控制了南京上游的门户。

这时，南京城内的清军只有清两江总督郎廷佐所率万余人。他见郑军势大，一面紧闭城门，上疏朝廷求救，一面听从部下朱衣佐的缓兵计，遣使以卑辞向郑成功求情。

声称清朝有法，守城过3 0日者，城失罪不及妻孥。乞求郑成功宽限开门迎降的日期。

郑成功轻信了清军之言，拒绝甘辉、张煌言等部将关于尽快拿下南京城的劝谏，令各部人马按兵不动，只等清军到时出降。郑军上下闻讯，以为南京指日可下，逐渐松懈了战备和斗志。清军乘机调入各州府兵和乡勇5万人，清苏、松水师总兵梁化凤也乘隙率部从南京东、南门入城，使清军在城内的实力大为加强。七月二十三日夜，梁化凤乘郑军防备松懈，以郑军1名降卒为向导，率5 0 0骑出神策门，突袭郑军狮子山营寨。

郑军官兵尚不及披甲，清军已冲杀至前。郑军无力抵挡，四下溃逃。梁化凤乘胜追击，连破两座营寨，俘郑军统领余新，杀副将两人。待郑军主力闻警赶到，梁化凤已撤回城中。当晚郑成功调集一部分兵力移营神策门外白土山下，以主力在白土山中设伏待敌，将大本营移至幕府山，准备在此迎击出城清军。次日清晨，梁化凤率精锐骑兵，乘郑军仓猝移营尚未就绪之时，突然向神策门外郑军发起攻击。郑军奋力迎战，终因猝不及防而败去，部将蓝衍、张应在交战中被击杀。在观音门负责应援的陈鹏、万禄闻讯率部驰援，也被从山上突驰而下的梁化凤部骑兵所击溃。与此同时，清军江宁总管喀喀木率一部兵力由仪凤门绕到幕府山后夹击郑成功大本营。郑军部将陈魁见清军围攻大本营，疾驰赴援，半路被清军以劲弩射杀，所部也被击溃。郑成功在幕府山上见战事失利，急驾小船，去调水师增援。恰值江水退落，水兵所乘战船无法靠岸。郑成功在江中眼看着岸上两军厮杀，战局急转直下，却无能为力。自郑成功离开后，郑军失去大本营指挥，不知该如何行动，只好营自为战，原地固守。清军加紧攻打，各个击破，连破数座营寨，郑军伤亡甚众，已呈溃势。郑成功参军潘赓钟立即将“铁人”军　　5 0 0人投入战场。因无步兵配合，“铁人”铠甲过重，行动不便，很快便被清军一一捕杀。其他营郑军未见大本营号令，不敢相互驰援，只能在营中待敌来攻，由于力量不集中，很快为清军攻破，终致全军溃败。梁化凤率军赶至江边截击，郑军将士且战且走，步兵除半数突围登船外，余皆被歼，其中逃至江边无法登船而溺死者无数。

郑成功在船上见败局已定，只好率船队撤往镇江，然后出长江返回厦门。张煌言正在进攻铜陵，忽闻郑成功败讯，欲顺流而下与郑成功合兵，不料清军水师已在南京封锁了归路，只好从陆路经浙东，转回舟山。