史料搜集得差不多了，写起书来也不是一件容易的事。私人修史，这是要担风险的事，再说崔鸿是政府官员,白天要办理公务,只有在衙门里处理完行政事务以后，才能回家写史。几年的心血，搜集到的近三十部国别史，为他撰写《十六国春秋》提供了丰富的资料，但这些国别史体例不统，年号不统一(各用本国帝王年号)，繁简不适当，错误也很多。

崔鸿参照各种不同的材料，互相映证。每件事情发生的年代、经过，他都要核对， 然后该详的详，该略的略，把缺漏的补上，错了的改过来。对于重大历史事件，他一定要搞清楚来龙去脉才下笔。

他在编写过程中统一采用纪传体，以人物为中心，提携各件大事。纪传体，是编写史书的一种体裁，它创始于我国西汉时期的著名历史学家司马迁的《史记》。用“本纪”叙述帝王，兼以排比大事;用“世家”叙述王侯封国和特殊人物;用“表”以统系年代、世系及人物等;用“书”或“志”记载典章制度的原委;用“列传”记人物、民族及外国。

适应新的历史情况，崔鸿不拘泥于旧套，他以晋王朝为主，纵观全局。当叙述十六国历史时，先用晋王明的纪年，当某个国家建立年号后，就改用该国的年号，这样，便于人们看出历史发展的线索，虽是十六国分开写，人们读起来却有整体观念。他把十六国的国史都改名为“实录”，十六国帝王的“本纪"都改为“传”，统称为《十六国春秋》。“实录”，古人称之为“信史”，意思是真实可靠的记载。将十六国的国史改名为“实录”，这固然反映了崔鸿以晋为正统的观念，但同时也反映了作者力求忠于历史事实的严肃的创作态度，还可以看出生活在南北分裂时期的作者，始终认为南北中国是一个整体，盼望统一的心情。

一天又一天，一月又一月，一年又一年，自从拿起笔来写《十六国春秋》，崔鸿就没有一天停过笔。为了静心写作，每天处理完公务，他就闭门写作。三伏天，他挥毫疾书，汗流浃肯，也不愿出去吹吹风;三九天，为了节省钱，他不烤火，手冻僵了，就送到嘴边呵呵热气，继续写作。砚池里的水结冰了，用笔轻轻地挑开冰花……