司马光针对当时官场的腐败情况上疏皇上，大力主张重用忠臣，革除奸佞。他认为大臣王曾、张知白、鲁宗道、薛奎等人，为官正直，一切为社稷(国家)着想，敢言敢谏，耿直无私，这样的忠臣应当重用。同时，又指出马季良、高居简等人，卑鄙无耻，无才无学，只会阿谀奉迎,投机取巧。久在朝廷，作恶已多，必须将他们革职治罪。只有这样做，才能使天下人信服。但是，昏庸的皇帝对于他这个主张，却视若无睹，并不采纳。

治平四年，英宗皇帝逝世，由他的长子赵顼继位，称为神宗。

神宗知道司马光对英宗皇帝很忠诚，也很有才干，起初也很想重用他，便提拔他为翰林学士(负责起草皇帝诏令、文书的官员)。翰林学士这样荣耀的职称，是当时文人向往并千方百计猎取的。但是，司马光却不是这样,只希望皇上能够重用忠臣贤人，把国家治理好，并没有想谋取个人的高官厚禄。因此，他对神宗皇帝说:“臣才疏学浅，担当不起如此重任。”

皇帝听了很不高兴，问道:“古代的所谓君子，往往是有学无文,或者是有文无学，只有董仲舒、杨雄二人文学兼有。你有文有学，为什么要推辞呢?”这些话都是事实，司马光一时无言以对。过了片刻,才说:“臣不懂四六字句的骈体文(这是当时文人官僚认为很高雅的一种文体)，也没有高明的政治谋略。”皇帝笑着说:“呵，原来是这样，你不用担心，就象汉朝萧何丞相那样制定诏令就成了。你不能再推辞!”于是司马光不得不接受翰林学土之官职。

他在翰林院任职不久，就发生一件御史中丞(最高监察官)王陶被撒职的事。原来王陶弹奏韩琦宰相专横跋扈，不押常参班(押班是指宰相统领文武百官上朝参见皇帝及履行职责)。神宗皇帝把王陶的奏章转给韩琦看，韩琦辩护说自已并不是跋扈，如果是那样，皇上可以派一个禁卫小卒把自已绑走。神宗对韩琦的忠诚很感动，并不加罪，反而把王陶革职，并叫司马光代职。司马光并不因为任此大官而高兴，反而为王陶愤愤不平。