七月初，监察御史里行何正臣首先发难，上疏皇帝，弹劾苏轼“愚弄朝廷，妄自尊大”，并将别人所刻印的《元丰续添苏学士钱塘集》呈给皇上。接着，监察御史里行舒亶)，也上疏指责苏轼《山村五绝》等诗中讥讽攻击新法,紧接着,国子博士李宜之等人也相继上章弹劾苏轼。

权御史中丞李定则是完全出于个人的恩怨，怀着极大的报复情绪来攻击诬陷苏轼的。在这之前，李定的母亲死时,他借故不服丧，子瞻以为不孝,因此,定始终对苏轼怀恨在心，伺机报复。这次，他看报复的机会来了，弹劾苏轼有四条“罪状”，应当杀头。

最初，神宗皇帝丝毫无意对苏轼根究治罪。后来，由于何正臣舒壹、李定等人连连上章，神宗皇帝才下令由御史台派人将苏轼解来京师进行审问。

由御史台亲自出头逮捕象苏轼这样有名的大臣，有宋以来还是罕见的。据说当时想找一个愿去逮捕苏轼的官员就很难。后来，才派太常博士皇甫遵前往。驸马都尉王洗平素与苏轼的关系极为密切,听到这个消息后，秘密遣人报与苏辙。苏辙当时任南京(今河南商丘市)幕官，闻讯后，当即派信差星夜急驰，飞报苏轼。本来，苏辙所派的信差是赶不过皇甫遵的。因为皇甫遵赶到润州(今江苏镇江市)时，同行的儿子生病找医生诊疗,滞留了半天,所以苏辙所派的信差抢先一步，赶到湖州。

当时，苏轼并不知道自己的罪过究竟有多大，只感到来头不小，可能十分严重。待皇甫遵赶到湖州时，苏轼便先告假，由湖州通判祖无颇代理州事。这一天，只见皇甫遵气势汹汹地带着人径入州厅。他穿着皇上赐给的朝服朝靴，手拿笏板(古时君臣朝见时手中所执的狭长板子，用玉、象牙或竹片制成)旁若无人地立在庭下。在他两旁，有两个台卒挟持,身穿白衣，头戴青巾，面目十分狰狞凶恶，气氛异常紧张。

苏轼见此情景，便与祖无颇商议，不再由他出面相迎。祖无颇宽慰他说:

“事情既然已到这般地步，已是无可奈何的了，你还是应该出去见见才是。”