马皇后死前两年，朝廷里发生过一件大事：深受太祖朱元璋信任的宰相胡惟庸结党营私，密谋推翻明王朝。胡惟庸可谓处心积虑，蓄谋已久，朝廷里许多掌权的重臣都被他笼络到自己麾下。等到朱元璋终于发觉这场阴谋时，他才意识到自己的周围原来潜伏着这么多图谋不轨之辈，这其中就有曾经与自己同生共死打下天下的功臣宿将。

胡惟庸一案居然牵涉到这么多人，使太祖深受震动。从此，他再也不相信任何人了。他还不曾料到，自己的得力谋臣刘基就是胡惟庸派人加害的。大怒之下，太祖杀了与此案有关的许多人，并把胡惟庸满门抄斩。蓝玉一案他也杀了不少人。有些人其实本不该杀头，但朱元璋一怒之下，送了好多人去西天。至于满门抄斩，祸灭九族，连刚刚出生的小娃娃都不放过，更是残暴已极。胡惟庸大案，朱元璋共杀了15000人。马皇后竭尽全力，只挽救了七十多岁的与此案稍有关连的宋濂的生命。

朱元璋在马皇后死后，常常追念马皇后与自己同甘共苦、同舟共济的生活。然而，马皇后一死，他身边缺少了一位敢于匡正补缺的贤妻。无人敢于犯颜直谏，致使朱元璋猜忌和暴虐之心日渐助长，动辄大开杀戒，杀人如麻。这是九泉之下的马皇后怎么也料不到，又无法改变的一个残酷事实。

正因为顾虑着马皇后种种好处，朱元璋对于太子朱标的未来不免忧心忡忡。人心险恶，而太子又是这样善良、仁慈。于是朱元璋内心存下一个狠毒的计划：把那些自己认为不可靠的文臣武将统统除掉，给太子将来统治天下创造一个安定和平的环境。太子买不买他的账呢？太子知道他用心良苦，但却不赞成他这样大开杀戒。

一天，朱元璋将太子朱标叫到自己跟前，指着地上一根生满了芒刺的木棒说：“你给我把它拾起来。”太子犹犹豫豫地看住父皇说：“木棒浑身是刺，儿臣拾不起来呀。”

“是呀，你也知道木棒浑身是刺不好拾。我现在之所以大开杀戒，就是把朝廷中的毒刺给你拔掉，将来你才能顺顺利利地统治天下，才可高枕无忧啊。”朱元璋语含凝重。

朱标想了想，说：“儿臣听说好的君王应该仁德爱民，不应动辄以杀人来显示自己的威望。”

朱元璋脸色十分难看，他冷冷地问太子：“那么说我是做错了？”“儿臣以为，滥杀无辜实际上与暴君桀、纣无异。”皇后当年曾经嘱咐过太子在太祖面前遇事要学会忍让克制，但是太子由于年轻气盛，一时间把母亲临死前的遗嘱忘在了脑后，这可就为他招来了巨大的灾祸。“来人！给我拿下这个逆子！”朱元璋气得暴跳如雷。侍卫们你看看我，我看看你，不知该不该顺从朱元璋的命令。“好哇，你们和太子一样，眼中早就没有我这个皇帝了么？”朱元璋从腰间抽出宝剑，直逼太子。太子朱标没有料到父皇会发这么大的脾气，一时吓得不知所措。现在求饶也已来不及了，怎么办？他只能绕着柱子疾跑，与朱元璋在皇宫里展开了游击。侍卫们见了，都替太子捏一把汗，但无人敢于为太子求饶。

眼看朱元璋就要追上太子了，他手中的宝剑举得高高的，仿佛随时都会砍下来，太子朱标无处可躲，便把手往怀中一探，取出一轴画抛在地下。太祖定睛一看，原来是明朝一位有名的画家画的马皇后年轻时背负受伤的朱元璋逃避追敌的情景，画面上，一双健步如飞的大脚栩栩如生。我这是在干什么呀？朱元璋突然丢下宝剑，抱住太子放声大哭。太子又惊又吓，木然地看着泪水顺着太祖的眼角一滴滴地落下来。“母后！母后！”

太子朱标眼里含满了泪水。心中默念着他死去的母亲——他的保护神。

然而马皇后在天之灵也是难以保佑太子一生平安的。经过这场变故，本来生性仁义的太子受不住惊吓，大病了一场，不到一年就追随马皇后而去了。后来，马皇后最不放心的小儿子朱棣在对皇位觊觎已久之后，看到太子朱标已死，便从侄儿朱允炆手中夺取了帝位，是为明成祖。