马氏做了皇后，显示出她与众不同的独特贡献。这一点，朱元璋很快便注意到了。

天下初定，前朝纲纪已坏。朱元璋鉴于元代吏治败坏，法纪不行，便努力进行各种制度法令的创建。他决心以法制约束天下。但就在这时候，女官送呈他一部《宋代家法》，朱元璋好奇地翻阅了一遍，越看越觉得有趣。一问，才知是他聪明的皇后组织编写的。马皇后平时喜欢浏览史书，注意前代兴衰事迹，探究齐家治国的道理。她觉得：宫廷内部争宠夺权是导致国家混乱的重要因素。她召集宫中女史，对她们说：“从汉唐以来，有哪些皇后最贤德、哪一代皇帝家法最正，可以书诸文字，作为我朝的法式？”范孺人建议她取法宋代，因为宋代家法最为严正，多贤后，而又没有发生过汉唐那样的女祸。马皇后认为范孺人的建议是对的，她便命令女史们编了一部《宋代家法》，顿开，转怒为喜。

在朱元璋顺利进兵的途中，马氏常常提醒丈夫不忘百姓疾苦，不要滥杀无辜。朱元璋在攻占集庆之后，将其改名为应天府，并自封吴国公。朱元璋踌躇满志，对自己的未来充满信心。但马氏却十分清醒地意识到丈夫身边还缺少能为他运筹帷幄的谋臣，便对他说：“从来帝王创业，有良将还须有谋士，才能运筹帷幄、决胜千里。如今您身边，还缺少一个像张良、诸葛亮那样杰出的军师。

朱元璋把马氏的话记在心上，时刻注意网罗人才。在进军浙江的途中，他听人说青田人刘基、金华人宋濂是浙江名士，就有心将他二人聚集到自己麾下。为此，他特派使者携带贵重礼物去把这两个人请到南京，并为他们修筑礼贤馆，将他们二人待若上宾。这种礼贤下士的作法得到当时许多读书人的好感。

刘基上通天文，下晓地理，学识非常渊博，并长于谋略；宋濂品格高洁，才学过人，后来被任命为太子的老师。朱元璋当时在江南面临的两个主要对手是张土诚和陈友谅。刘基便为朱元璋谋划说：“张士诚是一个鼠目寸光之辈，善于守成而不知道进取；陈友谅相比之下却是个野心极大的人，他杀孙寿辉而自立，欲称王天下，对我军构成的威胁也是最大的。我军应该及早动手，全力对付陈友谅。消灭了他，再去进攻张士诚就比较容易了。江南平定之后，我们可以把江南作为根据地，继续挥师北上，灭亡元朝，重建汉族一统的天下。”朱元璋听了，正中下怀，如鱼得水。君臣二人相逢恨晚。在良将和谋臣们的辅佐之下，朱元璋指挥军队，用了整整四年时间打败了陈友谅，攻占两湖、江西和安徽，然后又很快挥师击败了张士诚，统一了南方、拥有广阔的根据地。最后他指挥千军万马，攻下大都，灭亡了元朝的统治。元顺帝至正二十八年（公元1368年）正月初四，朱元璋改应天为南京，登基做了皇帝，改国号为明，年号为洪武。然后，册立马氏为皇后，立马氏所生的长子朱标为太子。

提起朱元璋的成功，与马氏的深明大义也是分不开的。在戎马倥偬之中，朱元璋养成了把思考的事情随时记下来的习惯，后人称此为“札记”。由于他识字不多，札记上难免留有许多空白。马氏便经常帮助他整理札记，填补空白，这对朱元璋随时总结经验教训，处理好各方面关系起了重要作用。马氏在帮助丈夫整理札记的时候，还常常这样提醒他：平定天下，应以仁爱之心待人，以少杀人甚至不杀人为最好。

在军事作战中，马氏除了时常提醒丈夫勿滥杀人之外，还带同其他将士家属，制作战衣鞋袜，以充做军需。每当将士们打了胜仗，她就拿出私蓄代表朱元璋犒赏大家，朱元璋内心深处对她充满了感激。并向明太祖建议颁行六宫，教育后宫妃嫔及公主们。

在马皇后的建议下，太祖又与外廷大臣反复商量，立下了几条严格的戒谕，并用铁牌铸字，挂在一道宫门中，计有“后妃不准预闻政事，有敢干政者，废退问罪。”“后妃以下妃嫔女御，不得私自出外，违者斩。”“宫嫔额定外用品，先取旨再移部取给。有不尊旨或有滥取者斩。”家法是很严厉的。

这些家法立下之后，确实有一定的效果。整个明代，后妃们都能遵守，所以宫闱严正，没有发生过女人弄权的事情。

为后宫制订家法之后，马皇后以身作则。不仅如此，由于朱元璋过去受的教育较少，脾气又很暴躁，稍不如意，动辄杀人，作为皇后，马氏便常常发挥匡正补阙、补偏救弊的作用。

有一天，朱元璋身着便衣，到城南孔庙一带察访。走到东牌楼附近，看到许多人围着墙上的灯谜七嘴八舌猜测议论。原来谜面上画着一个妇人，怀抱一个西瓜，天生一双大脚，打“令人名人一”。众人都猜不出来，这时有个书生模样的人笑着说道：“这个谜还不容易猜吗？这个谜是会意格。妇人怀抱西瓜，意为淮西妇人，生着一双大脚，是指当今马皇后啊！”众人掀开谜面一看，谜底果真是马皇后。有个老人接着书生的话说：“老头儿的皇后可是个贤德之后，她那双大脚帮他稳坐江山呢！”

朱元璋看到老百姓(603883)用猜谜来打趣自己和自己的皇后，气得暴跳如雷。一回到宫中，他就命令五城兵马司总制和应天府尹把东城一带的老百姓全抓进牢里，他怒斥手下：“张士诚当初盘踞江东时，老百姓还称他为张王。朕贵为天子，老百姓却喊朕为老头儿。真是岂有此理！更可恨的是，竟然有人借猜灯谜取笑皇后。他们如此对帝后不恭敬，都是你们平日纵容所致！来人，把这批刁民给我杀了！”

这事被马皇后知道了，她深感不安，急忙赶来劝阻明太祖：“当初你在怀远兵败负伤，追兵紧逼在后，你又无法行走，要不是有我这双大脚，背负你逃到山中躲藏，你哪有今日！我这双大脚谁个不知？谁人不晓？当日大家都称我大脚娘子，那时你并未生气，如今又为什么大发雷霆呢？”“今日你我贵为至尊，哪能和从前相比！”

“民不教不立，这件事情须从根本人手。应当定礼仪。正民俗，颁布天下，责成掌管普教学子，百姓自然会听教化。”马皇后的一番话说得入情人理。终于使朱元璋撤销了自己的命令，从而挽救了东城一大批老百姓。从这件事可以看出，马皇后是一个心地善良、待人宽厚的人，尽管她长了一双大脚，受到了当时人们的取笑，但她也不介意。

一次，朱元璋过生日，杭州教授徐一夔上表贺寿，文中有“光天之下，天生圣人，为世作则”的贺词。朱元璋对文义理解很差，他认为“光天”就是“光头”，又把“圣人”错听成“僧人”，这犯了他的大忌，“作则”则理解为“作贼”，这也触痛了他的伤疤。盛怒之下，他将徐一夔杀头问斩。后来，马皇后知道了这件事，一方面为徐一夔感到惋惜，另一方面深感丈夫学问的不足，导致滥杀无辜，贻笑天下。她向丈夫解释了徐一夔文中的意思，并鼓励丈夫多识字。朱元璋以后就不再因文字不通而杀人了。

定都南京以后，朱元璋想扩建旧城。有个大富翁叫做沈万三的，为了讨好朱元璋，请求出钱修筑新城的三分之一。朱元璋为面子考虑拒绝了他。然而沈万三一心要讨好朱元璋，说愿意贡献一笔金笔，作犒赏朝廷军队之用。谁知马屁恰好拍到马脚上，一个老百姓，居然想要犒赏皇帝的军队，这在朱元璋看来简直是想凌驾于天子之上，大逆不道。他下令逮捕沈万三，要治以重罪。

马皇后知道这件事后，便赶来劝说朱元璋，认为沈万三是献金的名目不大对头，其实，他并无什么恶意。朱元璋认为一个小小百姓居然富可敌国，真是不祥之兆。马皇后却告诉他：“刑罚是诛不法之徒，而不是诛不祥。沈万三并未犯法，皇帝杀他，于法不合。”朱元璋接受了皇后的意见，将他免去死罪，流放云南。

马皇后在世期间，还流传着许多关怀士人、体恤下情的感人事迹。

有一次，朱元璋和大臣们一起讨论国事后用餐，朱元璋的饮食由后官准备，众大臣的饭菜由光禄寺送进朝堂。马皇后在大家进餐的时候走进前殿，亲口品尝了大臣们的饭菜，发觉饭菜已冷，滋味又很淡。她便对朱元璋说：“朝廷用光禄寺来奉养天下贤才，光禄寺却并没有尽到责任。待士之道，自奉要薄，养贤要厚。如今众大臣的饭菜，滋味寡淡，这不是陛下养士之道啊。”朱元璋便命光禄卿上殿，责令他加以改正。大臣们对于皇后如此的体恤下情，十分感动。

朱元璋很重视太学，延请名儒大师教导学生，大学生们都由国家供给口粮。但马皇后有一次却发现：大学生们的家眷却是不领口粮的。她便这样问皇帝：“大学里有多少学生？”“2 0 0 0多人。”“大学生中有家眷的人多吗？”“不少人都是有家眷的。你问这做什么呢？”马皇后便把自己的想法娓娓道来：“大学是养育人才的地方。皇帝为国育才，故而重视大学。然而，大学生有国家供给的口粮，他们的妻子儿女却没有。也就是说他们有后顾之忧。皇上何不多赐一份恩典，让每个大学生的家眷都有一份口粮，免去他们的后顾之忧，使他们专心向学呢？”

朱元璋深以为然，便下令在京城附近特建一座粮仓，叫做“红板仓”，专供大学生家眷取给。

宋濂是有名的大学士，还是太子朱标的老师。马皇后一贯尊敬这位学者，有一次还亲自为宋濂向太祖求过情，保全了他的性命。

原来，在洪武十三年，宰相胡惟庸联络四方武将，密谋造反，后被人告发，未遂。

此事震动了整个朝廷。当时胡惟庸不少党羽都是朝中的功臣宿将。这件事给朱元璋的刺激很大，他开始大开杀戒。凡同胡党交结往来者，一律杀头。当时宋濂的孙子宋慎、宋燧也被牵连在胡党之内。尽管宋濂早已告老还乡，朱元璋还要派人去杀他。太子朱标作为宋濂亲自督导过的学生，为宋濂求情，想不到反而挨了太祖一顿痛骂。太子又生气又伤心，就一怒跳进了太液池。幸亏被左右看见，及时救起。但朱元璋依然不想收回成命。

马皇后便想了一个办法。当天进膳时，她命令在自己面前摆上素斋。太祖觉得好生奇怪，看她一不喝酒，二不沾荤，便问她：“今天为什么要吃素呢？”马皇后回答：“为了宋先生。平常百姓人家请了个先生，礼敬还要有始有终，何况我们这帝王之家呢？宋先生教太子以下诸皇子这么多年，今天得罪要被处死，我要为他吃素祈福。”太祖将筷子一扔，拂袖而去。但过后仔细想想，皇后的话也不是没有道理。他便免去宋濂的死罪，将他流放到四川。