邱长春祖师“一言止杀”的故事几经人们传诵，正是因为祖师功德无量，才有了当今全真龙门一脉的大兴。成吉思汗不远万里三派朝臣请邱祖出山，邱祖本人也试图通过这一方式影响成吉思汗“罢干戈致太平”，劝说成吉思汗早日回军，求得天下安宁。

邱祖率18名弟子在万里西行的过程中，向各族群众广泛传道，招收信徒。在行至今天的蒙古国西部科布多时，邱祖将弟子宋道安、李志常等留下，建立了全真道观，成立全真教的组织。邱祖不仅在精神层面宣扬全真之法，同时还身体力行的让人们了解教义。他沿途广施善事，在中亚的撒马尔罕等地，利用成吉思汗赐予自己的粮食熬粥施舍给饥民。邱祖所到之处，得到了各州县和行省文武官员的迎送，受到了热烈欢迎和隆重接待。

邱祖多次在成吉思汗的大帐内与他单独长谈，耶律楚材做记录。耶律楚材的记录，后被整理为《玄风庆会录》一书。在谈话的过程中，邱祖明知道成吉思汗急于了解长生之道，他却没有正面回答，而想到自己沿途所见蒙古军西征造成的残破景象，深感这与全真道的道旨极不相称，邱祖答复说：“修仙须修阴德，必须去暴止杀。您起兵灭西夏和金是符合天意民心的，但务须禁止残暴杀戮，才能使事业最后成功。”

成吉思汗又问治国之方，邱祖回答说：“要以敬天爱民为本。”邱祖还巧妙地借用雷震等自然现象，劝告成吉思汗应在蒙古汗国提倡孝道。邱祖特别向成吉思汗论述说：“只有统一中原地区并将之治理好，才能称为大国。要想治理好中原，就必须爱民，让人民休养生息。”

邱祖在赴大雪山途中，蒙古军西征所过之地，尸横遍野。见此情景，他曾作诗两首，赠予成吉思汗。其一诗云：

夹道横尸人掩鼻，

溺溪长耳我伤情。

十年万里干戈动，

早晚回军望太平。

他的诗意和情绪，为成吉思汗所察知，这对成吉思汗早日停止西征决定班师，确实起到了催化作用。

邱祖的高深魅力，深深吸引着成吉思汗，使他大有相见恨晚之感。他高兴地宣布：“神仙是言，正合朕心。”他召集太子和其他蒙古贵族，要他们按邱祖的话去做，又派人将仁爱孝道的主张遍谕各地。特别是在后期，成吉思汗统治中原的政策有所和缓，对中原各地的一些武装反抗，成吉思汗改***为招安。这些变化与成吉思汗接受邱祖的劝告有很大关系。

邱祖回到燕京，驻太极宫尊为“大宗师”，被人们称之为“帝者之尊师，亦天下之教父”，受命掌管天下道门。成吉思汗曾遣使慰问邱祖，诏书中写道：“朕常念神仙，神仙毋忘朕也。”其对邱祖的信任之情可见一斑。

邱祖与成吉思汗的这段渊源得到了后世人们的大力推崇，世人特别是对邱祖的赞许极高。牟钟鉴教授评价说，“以宗教的社会安定功能而言，邱祖不仅是中国道教史上第一人，也是中国宗教史上第一人”，体现了“仁爱无私、尊道贵德、包容通和、坚毅忠勇”的高尚品质。而在史学界是这样对邱祖进行评价的：邱处机以超常的见识和巨大的人格魅力，感动成吉思汗，止杀救民，积无量功德。