朱元璋为了统一全国，自然不是为了装成好儒的样子给臣下看，也不是为了让儒生站在他左右装点门面，更不是为了在饮宴之余让儒生写几篇歌功颂德的诗赋以自娱，而是尽量发挥儒生的才能，帮助自己建立、巩固和发展政权。首先，向儒生请教平天下、建国业的经验。冯国用向他献计：“金陵龙蟠虎踞，帝王之都 。愿先拔金陵，定鼎，然后命将四出……倡仁义于远迩，勿贪子女玉帛，天下不难定也”（《明史纪事本末》）。李善长回答天下如何安定时道：“秦乱，汉高起布衣，豁达大度，知人善任，不嗜杀人，五载成帝业……法其所为，天下不足定也”（《明史李善长传》）。儒士范常甚至批评他：“得一城而使人肝脑涂地，何以成大事？”（《明史范常传》）名儒章溢也开导他：“天道无常，惟德是辅，惟不嗜杀人者能一之耳”（《明史》本传）；这些决定人心向背的经验对朱元璋所作所为很有指导意义，从而博得了大众的拥护。其次，请儒生在军事战略布署中起参谋作用。如攻下徽州后，当地儒士朱升从长远战略方面提出重要方针：“高筑墙，广积粮，缓称王”（《明史朱升传》）。这不仅指出了朱元璋在张士诚、陈友谅夹击下生存的条件，也指出了巩固后方、储备粮食、争取时间的步骤。

刘基到建康不久回答朱元璋“征取计”时日：“士诚自守虏，不足虑。友谅劫主胁下，地据上游，其心无日忘我，宜先图之。陈氏灭，张氏势孤，一举可定，然后北向中原，王业可成也”（《明史‘刘基传》）。以后刘基又在对陈友谅、张士诚等多次重大战役中提出战略妙计，从而使朱元璋取得了一系列的军事胜利。再次，请儒生帮助建设新政权。朱元璋一建立太平府，就“以李习知府事，李善长为帅府都事，汪广洋为帅府令史，陶安参幕府事”（《明史纪事本末》）。以后随着势力的扩大，他置江南行中书省，更是吸收众多的儒生参加政权建设，“得儒士夏煜、孙炎、杨宪等十余人，皆录用之”。在建康，他“以（宋）濂为江西等处儒学提举司提举；以（章）溢、（叶）琛为营田司佥事；（刘）基留帷幄，预机密谋议”（《明史纪事本末》）。同时李文忠向他荐举的儒生王祎、黄天锡等，他皆征用到政权中。至于地方政权建设中，他更是让儒生担任主要官员，如王宗、许瑗、孙炎等，这对安定地方人心起了积极作用。此外，儒生在经济建设、荐举人才、文化教育诸方面都起了相当大的作用。

正因如此，朱元璋在得天下之前格外尊重和礼遇儒生，他给刘基写信，自称姓名，恭敬地写上“顿首奉书伯温老先生阁下”（《诚意伯文集》卷一）。儒士秦从龙被聘来，朱元璋“亲出城迎入，邀与同处，朝夕咨访时政，常呼为老先生而不名”（高岱《鸿猷录》卷二）。宋濂有病，他“特命中书造安车，给健丁六人以载”（《宋学士文集》卷一）。“宋纳读书，不慎烧衣及肋，亲为文戒之”（《明史宋纳传》）。他还与儒士们诗文酬答，唱和往还，虽不无舞文弄墨、附庸风雅之作，但取得了儒士们的好感，达到了笼络人心的目的。为了能和儒生打成一片，朱元璋还十分注意学习经史，常常“手不辍书，礼致儒臣，深思治道”。除礼聘许元、范祖干等人进府轮流为其讲解经史外，他还把《大学衍义》书于两庑壁间，以备朝夕观览。他对儒生詹同说：“吾每于宫中无事，辄取孔子之言观之，如‘节用而爱人，使民以时’，真治国良规”（《明史》本纪）。这说明，朱元璋对儒学的学习已很有收获了。

判若两人的是，朱元璋从元末风暴的血泊里黄袍加身后，便一反常态，转而动手迫害儒士，并不断向文人开刀。本来兔死狗烹、鸟尽弓藏，是封建帝王惯用的伎俩，但残酷兴狱、大造冤案以达到某种目的的，恐怕要数朱元璋了。洪武十三年（1 3 8 0年）后，相继制造了胡惟庸案、郭桓案、空印案、蓝玉案等，被杀者多达十二万人，武臣宿将被诛杀殆尽，连儒士文官也罕有善终者，从而彻底解除了对皇权的威胁。

朱元璋迫害儒士与打击文臣决不是偶然的，他本来答应“凡仕元者，皆予录用”（《明通鉴》卷一）；但又晓谕各级官府对这些人严密防范。他曾下令广辟言路、上书谏诤，但又不许“妄言”指责弊病。知识分子在无所适从的情况下，自然不愿与新朝合作，不肯入仕做官。如元时为江北行省儒学提举的戴良，“以老疾固辞忤旨”而暴卒。名儒王逢，太祖“欲辟用之，坚卧不起”（《明史文苑传》）。儒士夏伯启叔侄“断指不仕”。姚润、王漠等被征不至，终被“诛而籍其家”。号称“吴中四杰”的高启、杨基、张羽、徐赍等均死于非命。因此，杨维桢、陶宗仪、陈亮、丁鹤年等儒士“均抗节不仕，不受征聘”（《明史杨维侦传》）。朱元璋把“寰中士夫不为君用”列入法律条文，对儒士进行惩处（《明史刑法志》）。另一方面，朱元璋对已经出仕的儒生也不放心，疑心这些人用文字讥讪诽谤自己，特别留意字里行间的文字。据黄溥《闲中今古录》载，洪武初年开科取士，搜罗文士以佐治理，引起功臣武将不平，挑唆说文士都好讥讽，并举“张九四（士诚）厚礼文儒，及请其名，则日士诚”的例子，朱元璋认为这个名字很典雅，武臣说：“《孟子》有‘士诚小人也’之句”。把句子破读，就是骂张士诚是小人。这件事使朱元璋颇受刺激，疑心一生；加之对自己下九流的出身经历总觉得不光彩，处处猜忌别人揭他的短，神经质式地发现奏章表文都是讥和尚、骂盗贼，处处诅咒朱明王朝短命。这种自卑感的变态心理，促使他经常把“朕本淮右布衣”、“江右布衣”之类的话挂在嘴上，临死前还说：“起自寒微，无古人之博知”（《明史太祖纪》）。好像虚怀若谷，其实是借此炫耀自己不攀附名人和祖宗功业，依靠赤手创业获得天下，而他人讲则是别有用心地刺毁朕躬了。因而，朱元璋的自卑心理及其变态表现也是造成儒士文臣备受迫害的一个重要原因。