首先，“凝神”，黄元吉认为，炼丹第一要凝神，“神”就是元神，凝神是为了除却一身躁气的凡火，通过不断的粹炼，使思想意识逐渐宁静下来，变化凡火为无思无虑、安然自在的真火，也使凡气逐渐化为真气。

心神也由识神做主凝化为元神做主，进一步由凝而专一，由专一而化虚。这里“凝神于虚”的“虚”有两层涵义：

一层：心神本身之“虚”。

通过凝神安静，使心神逐渐进入虚极静笃的境界，是一种自然而然达到的“虚”，在这种神“虚”的状态，会感得天地清和的元气由外而入身内，不断凝聚，使得炼丹有药。

所以，黄元吉要求下手之初，要将心放得活活泼泼，“托诸于穆之天，游于太虚之表”，这样才能“内伏一身之铅汞，外盗天地之元阳”，使神凝息调，内感外应，天地之元气流行于一身内外而没有止息。

依黄元吉的看法，心神能“虚”，外在就“实”，那么外在的天地元气就会像流水一样由“实”处流向“虚”处，从而自然盗得天地元气于己身。因此，黄元吉的很多教法都是要求内培心地，放下诸多“实在”的欲望，而得自然无为的“清虚”。

二层：心神方所之“虚”。

心止于脐下曰凝神，守中之法最基本的要求就是内视丹田——脐下（脐内）一寸三分之地，此处为虚空之所（“虚无窟子”）。

黄元吉讲，由于它虚无，所以不在肉身之中，但同时又不离身中，这个虚空之所在黄元吉丹法中极为重要，是修炼起始的根本之地，被看作是“玄牝之门”，是外接天根，内接地轴的关键之处，是呼吸绵绵归根的祖窍。

而且由于人出生之后，先天一点乾金沉于水底伏而不起，是以凝神于此虚无之地，通过神火下照，使水沸金出，从而可采药炼丹。

“合气于漠”就入手工夫而言，主要是指对呼吸之息的运用。在黄元吉看来，息分为“后天凡息”和“先天元息”，这两种的作用不同，重点是把握“先天元息”。

所以“合气于漠”主要是指调外呼吸时要均匀，顺其自然，听其上下往来，不要过长过短，只是心心念念融合在丹田宛转悠扬的先天元息（先天神息）上。

由于先天元息无形无象，只有“漠”于后天呼吸，才能得先天元息之“用”，等到外呼吸自然断绝，内在的先天元息自会全体显现出来。

之所以重“先天元息”，是因为采元气化凡精，升真铅制阴汞，返还乾性，以及成就不思不虑的元神，都要靠采先天元息，这是先天无形之真火。

黄元吉认为先天元息是后天呼吸的根本，后天之火如同油灯的火光，而先天神火如同油灯没有点燃时的油中潜在之火。采凡火容易顷刻即灭，不长久；而采神火，则可以千万年不朽。

当然外呼吸的后天有形之火在黄元吉看来也不是完全不用，在阳气开始勃发的时候，需要后天呼吸包裹，起到护卫先天元息的作用。

有形之火可以祛除一身的风寒暑湿，而进一步则要靠无形真火来炼化身中的渣滓阴霾，金丹才可有成。

黄元吉讲，人的一身之中神气二者的运用，关键在于两目的神光，它是炯炯不昧、惺惺长存的，所谓“一身皆是阴，惟有目光独属阳”。

所以，“凝神于虚”就是要将两目的神光向下照，照于脐下一寸三分虚无之地，就如同阳光普照于九幽，如此精气神自然而然会合于一家，丹田气壮，阴气渐消，阳气长存。这个阳气渐长的过程，黄元吉比作冬至一阳生时，是一个由极微而著逐渐发展的过程，不可操之过急。

整个“凝神于虚，合气于漠”的主旨在“虚”和“漠”二字上，这二字体现了黄元吉丹道心法中“识神退位，元神主事”的原则。以“虚”以“漠”才能合乎先天，才能求得真正的长生大药，也才会不至于只求命功不重性功，避免忘记内丹修炼的根本。

黄元吉的守中工夫分为两个方面，守有形之中和守无形之中；从用功的方式又可分为勉强的有为守中和纯任自然的无为守中。

对于守有形之中的工夫，黄元吉讲，这是第一步工夫，即以凝神调息为主，不即不离地回光返照于脐下丹田一寸三分的地方。实际的重点仍在于使神气合一，其要在于达到“心平气和”。

不过黄元吉强调不是所有人都需要做第一步的守有形之中，这只是针对钝根漏体的人，他们神气消散衰弱，精神羸弱，要想得精产药很难，所以，只有以守中工夫使真气充足，才能进行下一步的修炼。

而对于精气神三宝没有亏损有如童体的人，则不必做守有形之中工夫，可以直接从河车搬运入手修炼。

对于这两类人，黄元吉很有感慨地说，人在幼年时，一般身体没有亏欠，但这时尘情正炽，恩爱难割，而且性又难纯；等到中晚年，经过了尘事磨练，顿悟繁华富贵不过是一个是非烦恼场，人生多有种种不如意的事，因而可能会一心向道，独修先天之性，但此时又恐怕命已垂危，性无所依。

所以，他讲守中工夫也是为了将修学之人以前放逐于外损耗的精血从这以后收敛于内，养乎于中，以待日久真阳出现而能够运河车之功，行进退之法。

对于守无形之中，是第二步工夫，即“凝神于虚无一窍，实无虚无窍，与太虚同体者是”。这步工夫已经属于炼虚的工夫了，黄元吉讲的较少。

守中工夫，黄元吉将它与儒家修身联系在一起，认为守中就是“允执厥中”、“喜怒哀乐之未发”、“纯一”、“慎独”等，认为“守中之学，诚修身之要道也。”

所以，他以“静中看喜怒哀乐未发之中作何气象”为守有形之中的方法。守中工夫在内丹工夫上黄元吉又以“静以凝神，动以生气”的“阳生活子时”为守中。